Dygraphs Moving Average

Tenho um acompanhamento longitudinal das gravações da pressão arterial. O valor em um determinado ponto é menos preditivo do que é a média móvel (média de rolamento), por isso Id gostaria de calculá-la. Os dados parecem com Id como calcular uma nova variável, chamada BLOODPRESSUREUPDATED. Esta variável deve ser a média móvel para BLOODPRESSURE e tem as seguintes características: Uma média móvel é o valor atual mais o valor anterior dividido por dois. Para a primeira observação, o BLOODPRESSUREUPDATED é apenas a corrente BLOODPRESSURE. Se isso estiver faltando, BLOODPRESSUREUPDATED deve ser a média geral. Os valores em falta devem ser preenchidos com o valor anterior mais próximo. Ive tentou o seguinte: Eu também tentei rollaply e rollmeanr sem sucesso. Id apreciar alguma assistência. Perguntou Oct 5 14 at 0:45 Ao calcular a média móvel, o número de elementos retornados é menor do que o número de linhas dos dados, ou seja, apenas os elementos quotn-1quot são retornados. Assim, pode estar causando o problema aqui. Ou você consideraria adicionar a coluna de média móvel separadamente, como: test2BLOODPRESSUREUPDATED lt - com (test2, c (mean (BLOODPRESSURE, na. rm T), rollapply (BLOODPRESSURE, 2, mean, na. rm T))) ndash KFB Oct 5 14 às 3:40 Obrigado pelo esforço KFB. Infelizmente, não funcionou. Eu tentei algumas versões editadas também. Talvez as funções do zoo não sejam adequadas para isso Eu codifiquei o seguinte que funciona: test5 lt - test test5UM lt - rep (NA, nrow (test5)) test5first lt - duplicated (test5ID) for (i in 1: nrow Test5)) else test5 Mas it39s inacreditavelmente lento. Ndash Adam Robinsson Oct 5 14 at 7: 09dygraphs for R O pacote dygraphs é uma interface R para a biblioteca de gráficos JavaScript dygraphs. Fornece facilidades ricas para traçar dados de séries temporais em R, incluindo: Automaticamente traça objetos da série de tempo xts (ou qualquer objeto convertível em xts). Eixo altamente configurável e exibição em série (incluindo o segundo eixo Y opcional). Rich recursos interativos, incluindo zoom / pan e destaque série / ponto. Exibir barras superiores / inferiores (por exemplo, intervalos de previsão) em torno da série. Várias sobreposições de gráficos, incluindo regiões sombreadas. Linhas de eventos. E anotações de pontos. Use no console R assim como os gráficos R convencionais (via RStudio Viewer). Incorporação perfeita dentro de documentos R Markdown e aplicações web brilhantes. Instalação Você pode instalar o pacote dygraphs do CRAN da seguinte maneira: Você pode usar dygraphs no console R, dentro de documentos R Markdown e dentro de aplicativos Shiny. Consulte a documentação de utilização associada à barra lateral para obter mais detalhes. Existem algumas demos de dígrafos abaixo, bem como algumas outras na galeria de exemplos. Heres um dygraph simples criado de um objeto múltiplo da série de tempo: Note que este gráfico é completamente interativo: enquanto seu rato move sobre a série os valores individuais são indicados. Você também pode selecionar regiões do gráfico para ampliar (clique duas vezes em zooms). Você pode personalizar dygraphs piping comandos adicionais para o original dygraph objeto. Aqui nós canalizamos um dyRangeSelector para o nosso gráfico original: Note que este exemplo usa o operador gt (ou pipe) do pacote magrittr para compor o dygraph com o seletor de range. Você usa uma sintaxe semelhante para personalizar eixos, séries e outras opções. Por exemplo: Muitas opções para personalizar a exibição de série e eixo estão disponíveis. É ainda possível combinar várias séries de estilos inferiores / superiores / superiores em uma única exibição com barras sombreadas. Heres um exemplo que ilustra barras sombreadas, especificando um título de plotagem, suprimindo o desenho da grade para o eixo x, ea utilização de uma paleta personalizada para cores de série: A Galeria ligada a partir da barra lateral inclui muitos mais exemplos das várias características Disponível para personalizar dygraphs. dygraphs JavaScript Visualization Library dygraphs é uma biblioteca de JavaScript de código aberto que produz produz gráficos interativos e zoomáveis ​​de séries temporais. Ele é projetado para exibir conjuntos de dados densos e permitir que os usuários explorá-los e interpretá-los. Uma demo vale mais do que mil palavras: Clique com o mouse sobre os valores individuais, clique e arraste para ampliar, clique duas vezes para diminuir o zoom, altere o número e pressione Enter para ajustar o período de média. Variação sazonal da temperatura em SF do que em NY. A diferença é de cerca de 15deg F para SF vs 50deg F para NY. Os dados diários (período de rolamento definido para 1) é bastante barulhento e esconde esta conclusão. Usando uma média móvel de 14 dias torna mais claro. Um período contínuo de 100 dias calcula a média de quase todas as especificidades dos dados. Theres uma lacuna nos dados para SF, quando a estação meteorológica foi para baixo (zoom em outubro de 2007 para vê-lo). As faixas ao redor de cada ponto indicam altas e baixas médias. Há uma grande quantidade de dados neste gráfico: baixa, média e alta para cada cidade em cada dia de um período de três anos asymp 6000 pontos de dados em todos. Dygraphs permite ao usuário explorar os dados e descobrir esses fatos. Para mais demos, procure o diretório de testes dygraph. Para ver outras pessoas que estão usando dygraphs, confira os usuários conhecidos. Alguns dos recursos dos dígrafos: Plotando séries temporais sem usar um servidor externo ou Flash Works no Internet Explorer (usando excanvas) Leve (69kb) e responsivo Exibe valores em mouseover, tornando a interação facilmente detectável Suporta bandas de erro em torno da série de dados Zoom interativo Exibe Anotações No gráfico Período de média ajustável Pode segmentar inteligentemente frações Ações de clique personalizáveis ​​Compatível com a API de visualização do Google Padrões inteligentes facilitam a utilização Para usar dygraphs, inclua o arquivo JavaScript dygraph-combined. js e instancie um objeto Dygraph. Heres um exemplo básico para começar coisas começadas: Para manter este exemplo self-contained, o segundo parâmetro é dados crus do CSV. A biblioteca dygraphs analisa esses dados (incluindo cabeçalhos de colunas), redimensiona seu contêiner para um padrão razoável, calcula intervalos de eixos apropriados e marca e desenha o gráfico. Na maioria das aplicações, faz mais sentido incluir um arquivo CSV. Se o segundo parâmetro para o construtor não contiver uma nova linha, ele será interpretado como o caminho para um arquivo CSV. O Dygraph executará um XMLHttpRequest para recuperar este arquivo e exibir os dados quando ele estiver disponível. Certifique-se de que o seu arquivo CSV é legível e serve de um lugar que entenda XMLHttpRequests Em particular, você não pode especificar um arquivo CSV usando file: ///. Heres um exemplo: (dados de Weather Underground) Há algumas coisas a observar aqui: O Dygraph enviou um XHR para obter o arquivo temperatures. csv. Os rótulos foram retirados da primeira linha de temperaturas. Que é Data, Alta, Baixa. O Dygraph escolheu automaticamente duas cores diferentes, facilmente distinguíveis para as duas séries de dados. Os rótulos no eixo x mudaram de dias para meses. Se você aumentar o zoom, eles mudarão para semanas e depois para dias. Algumas heurísticas são usadas para determinar uma boa faixa vertical para os dados. A idéia é tornar visíveis todos os dados e ter valores humanos no eixo (isto é, 200 em vez de 193,4). Geralmente isso funciona bem. Os dados são muito pontiagudos. Uma média móvel seria mais fácil de interpretar. Esse problema pode ser corrigido especificando as opções apropriadas no parâmetro de opções adicionais para o construtor Dygraph. Para definir o número de dias para uma média móvel, use a opção rollPeriod. Heres como seu feito: Uma média de rolamento pode ser definida usando a caixa de texto no canto inferior esquerdo do gráfico (o atributo showRoller é o que faz isso aparecer). Observe também que definimos explicitamente o tamanho da div do gráfico. Barras de erro Outro recurso significativo da biblioteca de dígrafos é a capacidade de exibir barras de erro em torno da série de dados. Um desvio padrão deve ser especificado para cada ponto de dados. Uma faixa sigma plusmnn será desenhada em torno da série de dados nesse ponto. Se uma média móvel está sendo exibida, dígrafos calculará o desvio padrão da média em cada ponto. Eu Sigma sqrt ((sigma 1 2 sigma 2 2. Sigma n 2) / n) Heres uma demonstração. Existem duas séries de dados. Um é N (100,10) com um desvio padrão de 10 especificado em cada ponto. O outro é N (80,20) com um desvio padrão de 20 especificado em cada ponto. O arquivo CSV foi gerado usando Octave e pode ser visto em twonormals. csv. Coisas a serem observadas aqui: A opção errorBars afeta tanto a interpretação do arquivo CSV quanto a exibição do gráfico. Quando errorBars é definido como true, cada linha é interpretada como YYYYMMDD. UMA . SigmaA. B. SigmaB. Hellip A primeira linha do arquivo CSV não menciona as colunas de erro. Neste caso, sua data justa, Series1, Series2. A média afeta visivelmente as barras de erro. Isto é mais claro se você manivela até o período de rolamento para algo como 100 dias. Para as primeiras datas, não haverá 100 pontos de dados para a média de modo que o sinal será mais ruidoso. As barras de erro ficam menores como sqrt (N) indo para a frente no tempo até theres um total de 100 pontos para a média. As barras de erro são parcialmente transparentes. Isso pode ser visto quando se sobrepõem uns aos outros. Compatibilidade com o Internet Explorer A biblioteca dygraphs depende muito da tag ltcanvasgt do HTML5, que o Microsoft Internet Explorer não suportava tradicionalmente. Para usar a implementação de canvas nativas do Microsoft Windows no IE9, você precisa definir um doctype HTML5 em sua página: Quando o IE9 está no modo HTML5, o dygraphs funciona exatamente como em outros navegadores modernos. Se você quiser dar suporte a versões anteriores do Internet Explorer (IE6ndashIE8), você precisará incluir a biblioteca excanvas, que emula a tag ltcanvasgt usando VML. Você pode adicionar excanvas incluindo o snippet a seguir: (Isso é surpreendentemente complicado porque o doctype HTML5 quebra excanvas no IE 8. Observe que a linha ltmeta http-equivhellipgt deve aparecer primeiro na seção ltheadgt para que isso funcione corretamente .) Enquanto emulação VML soa como seria lento, ele funciona bem na prática para a maioria dos gráficos. Um gotcha comum a olhar para fora: certifique-se de que você não tem quaisquer vírgulas à direita nas listas de parâmetros, p. A maioria dos navegadores irá ignorar a vírgula à direita, mas ele irá quebrar no IE. Você também pode precisar atrasar a instanciação de quaisquer dígrafos até que o conteúdo do DOM esteja pronto, pois houve alguns relatos de que os excanvas não funcionarão até que isso aconteça. Se você estiver usando jQuery, isso significa desenhar seus gráficos dentro de um bloco (function ()). A API de visualização do Google fornece uma interface padrão para descrever dados. Depois de especificar os seus dados usando esta API, você pode conectar qualquer visualização compatível com GViz. Dígrafos é tal visualização. Em particular, ele pode ser usado como uma substituição para a visualização AnnotatedTimeline usada no Google Finance e em outros sites. Para ver como isso funciona, confira a demonstração de anotação do gviz. Para uma demonstração simples de como usar dygraphs uma visualização GViz, veja danvk. org/dygraphs/tests/gviz. html. Dygraphs também pode ser usado como um gadget GViz. Isso permite que ele seja incorporado dentro de uma planilha do Google. Para uma demonstração disto, consulte esta planilha. O URL do gadget é danvk. org/dygraphs/gadget. xml. Heres um exemplo de um gadget publicado gviz usando dígrafos: Frações de gráficos Situações muitas vezes surgem onde você quer plotar frações, p. A fração de entrevistados em uma pesquisa que disse que eles votariam pelo candidato X ou o número de hits dividido por em bastões (baseballs batting average). As frações requerem tratamento especial por duas razões principais: A média de a1 / b1 e a2 / b2 é (a1a2) / (b1b2). Não (a1 / b1 a2 / b2) / 2. A aproximação normal não é sempre aplicável e os intervalos de confiança mais sofisticados (por exemplo, o intervalo de confiança de Wilson) devem ser empregados para evitar relações que excedam 100 ou vão abaixo de 0. Felizmente, dygraphs lida com ambos estes para você Heres um gráfico eo comando que gerou A opção frações indica que os valores em cada coluna devem ser analisados ​​como frações (por exemplo, 1/2 em vez de 0,5). A opção errorBars indica que wed gostaria de ver um intervalo de confiança em torno de cada ponto de dados. Por padrão, quando frações é definido, você obtém um intervalo de confiança Wilson. Se você examinar cuidadosamente o gráfico, você pode ver que as barras de erro são assimétricas. Algumas coisas a notar sobre este gráfico: As barras de erro para Ichiros média de rebatidas são maiores do que para os Mariners, uma vez que ele tem muito menos em morcegos do que sua equipe. Dygraphs torna fácil ver a média de rebatidas nos últimos 30 jogos. Isto é normalmente bastante difícil de calcular. Ele deixa claro onde a parte quente e fria da temporada Suzukis foram. Se você definir o período de média para algo grande, como 200, você verá as equipes e jogadores batting média através desse jogo. O número final é a média geral de rebatidas para a temporada. Onde as barras de erro não se sobrepõem, podemos dizer com 95 confiança que as séries diferem. Há uma chance melhor do que 95 que Ichiro foi um melhor rebatedor do que sua equipe como um todo em 2004, o ano em que ele ganhou o título batting. Um último demo Este gráfico mostra os fechamentos mensais da Dow Jones Industrial Average, tanto em dólares nominais quanto reais (ou seja, corrigidos da inflação). As áreas sombreadas mostram sua alta e baixa mensal. Os valores do IPC com uma base de 1982-84 são usados ​​para ajustar a inflação. Display: Nominal Real Anotações Outras Opções Além das opções mencionadas acima (showRoller. RollPeriod. ErrorBars. ValueRange), há muitos outros. Gotchas comuns Aqui estão alguns problemas que eu freqüentemente me deparei ao usar a biblioteca dygraphs. Se o seu gráfico não for exibido, certifique-se de verificar o console de erros JavaScript do navegador. Dygraphs faz todas as tentativas para registrar erros e avisos, e estes podem muitas vezes guiá-lo na direção certa. Certifique-se de que seus arquivos CSV são legíveis Se o seu gráfico não estiver aparecendo, o XMLHttpRequest para o arquivo CSV pode estar falhando. Você pode determinar se este é o caso usando ferramentas como Firebug. Verifique se os arquivos CSV estão no formato correto. Eles devem ser da forma YYYYMMDD, series1, series2, hellip. E se você definir a propriedade errorBars, certifique-se de alternar série de dados e desvios padrão. Dígrafos não são felizes quando colocados dentro de uma etiqueta ltcentergt. Isso também se aplica à propriedade CSS text-align. Se você quiser centrar um Dygraph, coloque-o dentro de uma tabela com o centro de alinhamento definido. Não defina a propriedade dateWindow como uma data. Ele espera milissegundos desde a época, que pode ser obtido a partir de um método JavaScript Data objects valueOf. Certifique-se de que você não tem nenhuma vírgula no final da chamada para o construtor Dygraph ou no parâmetro opções. O Firefox, o Chrome e o Safari ignoram estes, mas podem fazer com que um gráfico não seja exibido no Internet Explorer. Compatibilidade GWT Não há atualmente nenhum wrapper GWT ao redor Dygraphs, no entanto, há uma classe que pode ser usado para carregar facilmente Dygraphs no navegador. Para usá-lo, inclua o arquivo dygraph-gwt. jar gerado no seu classpath e adicione a seguinte linha ao módulo GWT: Ligue para org. danvk. Dygraphs. install () quando o aplicativo começar a instalar o código JavaScript no navegador. Você pode usar JSNI para chamar Dygraphs de seu código GWT, como no exemplo abaixo. O exemplo usa a API de visualização para GWT e a API de Dygraphs GViz. Usuários conhecidos Desde o lançamento público no final de 2009, a dygraphs encontrou muitos usuários na web. Esta é uma pequena coleção de usos que conhecemos. Se você estiver usando dygraphs, por favor, envie Dan um link e inferno adicioná-lo a esta lista. Dygraphs foi originalmente desenvolvido no Google e tem encontrado um amplo uso em dashboards internos e servidores lá. Existem também alguns usos de dygraphs em produtos públicos do Google: Google Correlate Usa dygraphs para visualização em séries temporais. Principalmente uma configuração padrão, com apenas alguns ajustes para combinar com o estilo do Google. Google Correlate - Pesquisa por desenho Esta é uma configuração altamente personalizada que permite ao usuário desenhar uma série de tempo. Baseado nesta demo. Painel de histórico do Google Latitude Utiliza interações de interação de mouse para sincronizar pontos de série de tempo com marcadores em um mapa do Google. Dygraphs também encontrou uso em outras organizações: Sistema Integrado de Análise de Tempo Espacial (NASA) ldquoWe usar dygraphs no Sistema Integrado de Análise de Tempo Espacial disponível do Laboratório de Clima Espacial no Centro de Vôo Espacial Goddard da NASA. Ele funciona muito bem para dados de séries temporais de várias missões e simulações que nós armazenamos. Eu utilizo dígrafos para traçar a telemetria de espaçonaves para uma frota de 25 satélites geoestacionários. Os engenheiros da espaçonave estão muito felizes com isso. Todos os satélites combinados estão produzindo cerca de 200 milhões de pontos de dados únicos por dia, por isso realmente apreciamos o excelente desempenho de dygraphs. rdquo 10gen MongoDB Monitoring Service Um serviço de monitoramento gratuito para MongoDB de 10gen (os criadores de MongoDB). Usado por milhares de servidores e usuários. Faz uso de gráficos sincronizados para exibir muitas quantidades simultaneamente. Duck Duck Go Traffic Dashboard O DDG usa dígrafos para exibir um gráfico público de seu tráfego diário. Eles usam anotações e os recursos de média móvel. Wikimedia Foundation - Dygraphs de painel de dados Moodbar é usado internamente na Wikimedia como uma solução prática para monitorar os resultados de um grupo de pequenas experiências. Quadrant-framework (MySQL Load Testing Framework) Uma estrutura amigável para criar e visualizar tarefas de teste de carga de banco de dados MySQL. Para obter mais informações sobre o uso de dígrafos, consulte este post. Os dygraphs de Spinwave Systems (Home energy monitoring) são usados ​​para traçar o consumo de energia ao longo do tempo. Jwebchart jWebChart é um autônomo e Thredds incorporado traçando sistema para arquivos netCDF. NetCDF é um padrão comum para o armazenamento e distribuição de dados científicos. N-gramas - Explore as tendências dos artefactos periodísticos da Colômbia. (Inglês: Explore tendências em artigos de jornal da Colômbia). Dygraphs é usado para exibir os resultados desse visualizador de n-grams. Utiliza uma extensão para exportar as parcelas como imagens PNG (1. 2). NOAA Painel de Controle de Nível de Água dos Grandes Lagos O painel de Controle de Nível de Água dos Grandes Lagos foi projetado para ajudar os usuários a visualizar, compreender e comparar os dados e previsões de elevação da água de superfície dos Grandes Lagos de uma variedade de diferentes fontes, , Aos valores anuais e multi-decadal. Desenvolvido pela primeira vez em Adobe Flash, uma versão compatível com HTML 5 foi desenvolvida e um rascunho funcional está disponível aqui. Você está usando dygraphs Por favor, deixe que Dan sabe e inferno adicionar o seu link aqui Data Policy dygraphs é puramente cliente-lado JavaScript. Ele não envia seus dados para qualquer servidor ndash os dados são processados ​​inteiramente no navegador de clientes.